Attenborough trở thành nhà điều hành tại BBC Two vào tháng 3 năm 1965,nhưng có một điều khoản trong hợp đồng, cho phép ông đôi khi được tiếp tục làmcác chương trình. Những năm sau đó, ông làm phim về loài voi ở Tanzania, và năm1969, ông làm seri 3 tập phim giới thiệu lịch sử văn hóa đảo Bali, Indonesia.Năm 1971, để quay bộ phim A Blank on theMap (Một khoảng trống trên bản đồ) ông gia nhập đoàn thám hiểm đầu tiên củaphương Tây tới một thung lũng hẻo lánh ở New Guinea, để tìm kiếm những bộ lạchoang dã chưa từng được biết đến.

BBC Two được ra mắt năm 1964, vào thời điểm đó, kênh này đã phải rất khókhăn để lối kéo sự chú ý của công chúng. Khi Attenborough nhậm chức điều hànhtại đây, ông đã nhanh chóng cải tổ lại nơi này. Với nhiệm vụ làm cho các sảnphẩm của BBC Two đa dạng và khác biệt với những kênh khác, ông bắt đầu thànhlập danh mục đầu tư các chương trình, mà chúng sẽ định dạng diện mạo của kênhtrong một thập kỷ tiếp theo. Dưới sự quản lý của ông, các đề tài như âm nhạc,nghệ thuật, giải trí, khảo cổ, hài kịch thí nghiệm khoa học, du lịch, kịchnghệ, thể thao, kinh doanh, lịch sử tự nhiên,… đều tìm thấy chỗ đứng trong bảngkế hoạch hàng tuần. Khi BBC Two trở thành kênh truyền hình màu đầu tiền ở Anh,Attenborough đã tận dụng điều này để giới thiệu các trận đấu bi-a và giải bóng bầudục được ghi hình tới công chúng nước Anh, thông qua kênh BBC2 Floodlit Trophy.

Một trong những quyết định có ý nghĩa nhất của ông là quyếtđịnh làm 13 phần của seri phim về lịch sử nghệ thuật Phương Tây, được trình chiếutrên dịch vụ truyền hình màu UHF mà BBC cung cấp. Chương trình truyền hình phátnăm 1969, Civilisation (Khai sáng), được hoan nghênh rộng rãi, đã định hình kếhoạch cho những bộ phim tài liệu với mục đích giải thích sự xuất hiện sự sống.Attenborough nghĩ rằng đề tài về sự tiến hóa là một chủ đề không thể thiếu củanhững seri phim như thế. Ông chia sẻ ý nghĩ này với Chris Parsons, một nhà sảnxuất tại đơn vị Natural History (Lịch sử Tự nhiên), người mà đề xuất sản xuấtvà lên kế hoạch seri phim Life on Earth. Attenborough ấp ủ ước muốn được tựmình dẫn chương trình này nhưng điều đó khó có thể thực hiện được khi ông đangnắm giữ vị trí quản lý.

Vào năm 1969, Attenborough được chỉ định làm giám đốcchương trình, ông chịu trách nhiệm sản xuất các chương trình cho cả hai kênh BBC.Nhiệm vụ của ông là duyệt kinh phí, tham dự các cuộc họp hội đồng, …. KhiAttenborough được đề cử như một ứng viên cho ghế Tổng giám đốc BBC năm 1972,ông đã gọi điện cho anh trai là Richard và tâm sự rằng ông không hề mong muốn vịtrí này. Đầu năm 1973, ông rời vị trí lúc đó để quay trở lại công việc làmchương trình, việc này giúp ông có thời gian để viết và dẫn những seri phim vềlịch sử tự nhiên mà ông đã lên kế hoạch trước đó.